Notre planète regorge de microbes mystérieux. Maintenant, dans les eaux d'un lac artificiel, les scientifiques ont peut-être découvert l'un des plus mystérieux de tous: un virus flambant neuf avec des gènes jamais vus auparavant.
Il y a quelques années, le groupe a prélevé des échantillons d'eau dans les criques du lac Pampulha, une lagune artificielle de la ville de Belo Horizonte au Brésil, à la recherche de virus géants - ou de génomes massifs - qui infectent les organismes unicellulaires appelés amibes . Mais lorsque l'équipe est retournée au laboratoire et a ajouté ces échantillons aux cellules d'amibes pour tenter d'attraper des virus géants dans leur tentative d'infecter les cellules, ils ont trouvé un intrus beaucoup plus petit.
"Ce fut vraiment une grande surprise car jusqu'à présent, nous ne connaissons que des virus géants infectant les amibes, pas de petits virus", a déclaré l'auteur principal Jônatas Abrahão, professeur agrégé au département de microbiologie de l'Université fédérale du Minas Gerais au Brésil. Ce nouveau virus n'avait qu'un diamètre d'environ 80 nanomètres, mais tous les virus infectant les amibes que nous connaissons à ce jour sont beaucoup plus gros, à plus de 200 nanomètres, a expliqué Abrahão à Live Science.
Les chercheurs ont nommé le minuscule virus «Yaravirus» d'après «Yara», la mère des eaux - un personnage important dans les histoires mythologiques des tribus indigènes Tupi-Guarani, selon l'étude.
Lorsque les chercheurs ont analysé le génome du microbe, ils ont constaté que la plupart d'entre eux n'avaient jamais été vus dans d'autres virus. Ils ont recherché la signature du gène du Yaravirus dans des milliers de données génomiques environnementales et n'ont trouvé aucun indice, "indiquant à quel point ce virus est rare", a déclaré Abrahão.
Seuls six des 74 gènes ont montré une certaine similitude avec d'autres gènes connus, a-t-il ajouté. Certains des gènes connus sont également connus pour être présents dans les virus géants - mais parce que le yaravirus est à la fois de petite taille et de génome, ce n'est pas un virus géant, a déclaré Abrahão. Pourtant, il infecte les amibes comme le font les virus géants.
"C'est l'une des raisons pour lesquelles ce nouveau virus est si intrigant et nous affirmons qu'il remet en question la classification des virus à ADN", a déclaré Abrahão. De plus, les virus à ADN sont classés en fonction de la protéine qui compose leur coquille ou capside. La capside du Yaravirus ne ressemble à aucune protéine connue auparavant. Il est également difficile de savoir quand et où ce virus est originaire et a évolué.
"Il serait nécessaire d'isoler de nouveaux virus similaires au Yaravirus pour améliorer notre analyse et essayer de définir leur origine", a-t-il déclaré. Bien qu'ils n'aient isolé le virus que récemment, il est possible que ce virus circule sur Terre depuis des siècles, a déclaré Abrahão.
Dans tous les cas, le yaravirus n'infecte pas les cellules humaines.
"Si nous considérons tous les virus connus à ce jour, nous pouvons dire que la plupart d'entre eux ne représentent aucune menace pour notre santé", a déclaré Abrahão. Mais cela ne signifie pas que nous ne devrions pas nous en soucier. «Les virus sont extrêmement importants dans l'environnement», explique Abrahão.
Le groupe espère analyser plus en détail les caractéristiques du virus afin de comprendre comment il interagit avec les amibes et d'autres hôtes potentiels, et de comprendre l'origine du microbe et comment il a évolué. Et cette étude montre "nous ne connaissons qu'une très petite fraction de cette diversité" de virus présents sur notre planète, a expliqué Abrahão. "Il y a encore beaucoup à explorer."
Cette étude n'a pas encore été évaluée par des pairs et a été publiée en ligne le 28 janvier dans la base de données BioRxiv.
